负面舆情对企业管理和组织架构的影响可能会导致企业内部的不稳定和混乱，以下是一些方法和步骤，可以处理负面舆情对企业管理和组织架构的影响：

1. 加强内部沟通：企业应该加强内部沟通，及时向员工公开负面舆情的情况和对策，减少员工的猜测和不安，维护企业内部稳定和团结。

2. 建立危机管理机制：企业应该建立危机管理机制，加强对负面舆情的预警和应对，及时控制和化解危机，减少对企业管理和组织架构的影响。

3. 加强员工培训：企业应该加强员工培训，提高员工的危机意识和应对能力，增强员工的团队协作和执行力，为处理负面舆情提供有力支持。

4. 优化组织架构：企业应该优化组织架构，加强内部管理和协调，合理分配资源和职责，确保企业运转顺畅和高效。

5. 建立管理规范：企业应该建立管理规范，制定明确的管理制度和流程，加强对管理的监督和评估，规范企业管理行为，提高企业管理水平和效率。

综上所述，处理负面舆情对企业管理和组织架构的影响需要加强内部沟通、建立危机管理机制、加强员工培训、优化组织架构和建立管理规范等措施，以维护企业内部稳定和团结，确保企业运转顺畅和高效。