在负面舆情处理中，平衡公司利益和员工利益是非常重要的，以下是一些实践建议：

1. 保障员工权益：企业需要保障员工的权益，包括工资、福利、劳动保障等，为员工提供安全稳定的工作环境和职业发展机会，保证员工的利益不受负面舆情的影响。

2. 加强内部沟通和协调：企业需要加强内部沟通和协调，及时向员工传递准确的信息，解决员工的疑虑和担忧，保证组织的稳定和正常运转，同时加强员工与企业的同心协力。

3. 制定科学合理的应对措施：企业需要制定科学合理的应对措施，考虑到员工利益和公司利益的平衡，避免短期利益与长期利益的冲突，采取适当的措施来应对负面舆情的影响。

4. 加强员工培训和教育：企业需要加强员工培训和教育，提高员工的意识和素质，增强员工的责任感和担当，使员工能够理解和支持企业的决策。

5. 依法合规处理负面舆情：企业需要依法合规处理负面舆情，遵守法律法规和道德规范，通过合法合规的方式应对负面舆情，保证企业的合法权益和员工的利益不受侵害。

综上所述，企业在处理负面舆情时，应该保障员工权益、加强内部沟通和协调、制定科学合理的应对措施、加强员工培训和教育、依法合规处理负面舆情等方式，平衡公司利益和员工利益，维护企业的长期稳定和发展。