负面舆情对企业业务合作和伙伴关系的影响可能是灾难性的。在处理这种情况时，企业需要采取以下措施来减少负面影响：

1. 及时告知合作伙伴：企业需要及时告知合作伙伴负面舆情的情况和处理方式，保持沟通畅通，让伙伴知道企业正在采取措施来解决问题，增强伙伴对企业的信心和信任。

2. 加强合作伙伴关系：企业需要加强与合作伙伴的关系，建立长期稳定的合作关系，增加彼此的信任和理解，让伙伴感到企业的诚信和可靠性。

3. 提供保证和赔偿：企业可以提供保证和赔偿，向受影响的合作伙伴提供合理的赔偿和解决方案，减少负面影响对合作伙伴的损失和影响。

4. 加强品牌管理：企业需要加强品牌建设和管理，提高自身的品牌形象和信誉度，让合作伙伴对企业有更好的认知和信任，增加合作伙伴的忠诚度和合作意愿。

5. 增加合作伙伴参与度：企业可以增加合作伙伴的参与度，让合作伙伴参与企业的决策和规划，增加合作伙伴的归属感和参与度，减少负面影响对合作伙伴的影响。

综上所述，处理负面舆情对企业业务合作和伙伴关系的影响需要采取及时告知合作伙伴、加强合作伙伴关系、提供保证和赔偿、加强品牌管理、增加合作伙伴参与度等多个方面的措施，以减少负面影响，维护企业与合作伙伴的稳定合作关系。